Oslo misjonskirke er organisert som en forening, med årsmøtet som øverste organ. Årsmøtet velger et lederskap (styre) som leder menigheten. Den daglige ledelsen er delegert til hovedpastor.
Lederskapet 2024 ledes av Elisabeth Bø og består av 6 valgte medlemmer og de tre pastorene.
Menigheten har også to andre styrer som rapporterer til lederskapet; Drifstyret og styret for vår barnehage; Abildsø menighetsbarnehage.
Driftsstyret har ansvar for bygg og utleie - det vi kaller Fellesskapshuset. Leder av driftsstyret er Øyvind Sten Bjerkseth. Barnehagestyret ledes av Sverre Walseth.
